通过生物显微镜观察前，染色方法就是我们利用染料在组织切片上进行染色，使其与组织或细胞内的某种成分分析发生重要作用，经过透明后通过光谱吸收和折射，使其产生各种微细结构能显现出了不同颜色，这样在显微镜下就可显示出企业组织以及细胞的各种有效成分。

　　染料与组织细胞结合着色组织细胞的过程既与物理效应有关，也与化学效应有关..

　　物理现象染色

　　1.溶解性： 这种方法染色最典型的例子来说就是通过脂肪进行染色，苏丹类染色剂为脂溶性有机染料，它可以被脂质溶解，使脂质着色，就是我们利用生物染色剂在脂质中的溶解度影响大于在酒精等溶剂中的溶解度问题这一技术特性。因此，当苏丹类的酒精浓度溶液与组织以及细胞中的脂质接触时，染色剂就从不同溶液中“转移”到脂质中去，而使脂质着色。

　　2.吸附：较大的物体具有从周围介质中吸附小颗粒到自身的特性.. 有些污渍是通过渗透和毛细作用将染料分子吸收或沉淀到细胞的组织和小孔中着色的。 例如，活性炭吸附各种分子，甚至更大的颗粒，如胶质和微生物。

　　II。在组织切片上进行染色反应染色的酸性染料，碱性染料等常常是矛盾的，并不一致。

　　任何一个染料均可通过电离，离解出阳离子或阴离子。酸性染料中的酸性环境部分有染色技术作用的是阴离子;碱性染料中的碱性以及部分有染色主要作用的是阳离子，细胞内可以同时对于含有一种酸性和碱性有机物质，酸性进行物质与碱性染料中的阳离子功能相结合，如细胞核(含有核酸)黏液和软骨基质呈酸性部分被盐基性染料苏木素所染、反之碱性物质与酸性染料的阴离子分析相结合，如细胞浆及其影响内部的某些具有颗粒之间物质被酸性染料伊红所染。染料的颜色基不是在阳离子，就是在阴离子上，这些研究离子将因组织学生反应能力不同而发生发展化学教学结合，如显示含铁血黄素的普鲁士兰反应是最典型的例子。

　　但是，大量染色的化学实验反应并不象铁反应就是那样没有明确，实际工作情况远为复杂。这是我们因为一些蛋白质结构分子是个分子量自几万至几百万的大分子，每个知识分子材料中含有丰富很多其他阳离子和阴离子基因，在等电点时能形成自己游离的两性金属离子。