数码显微镜括光学系统，机械装置和数码摄像系统（显微镜摄像头）三个部份：

　　（一） 光学系统

　　1．目镜

　　它是插在目镜筒顶部的镜头，由一组透镜组成，可以使物镜成倍地分辨、放大物像，例如10X、15X等。按照所能看到的视场大小，目镜可分为视场较小的普通目镜，和视场较大的大视场目镜(或称广角目镜)两类。较高档数码显微镜的目镜上还装有视度调节机构，操作者可以方便快捷地对左右眼分别进行视度调整；此外，在这些目镜上可以加装测量分划板，测量分划板的象总能清晰地调焦在标本的焦面上；并且，为了防止目镜被取走以及减少运输中被损坏的可能性，这些目镜可以被锁定。

　　2．物镜

　　它安装在转换器的孔上，也是由一组透镜组成的，能够把物体清晰地放大。物镜上刻有放大倍数，主要有10X、40X、50X、100X等。高倍物镜中多采用浸液物镜，即在物镜的下表面和标本片的上表面之间填充折射率为1.5左右的液体（如杉木油），它能显著的提高显微观察的分辨率。

　　3． 光源 有卤素灯、钨丝灯、汞灯、荧光灯、金属卤化物灯等。

　　4． 聚光器

　　包括聚光镜、孔径光阑。聚光镜由透镜组成，它可以集中透射过来的光线，使更多的光能集中到被观察的部位。孔径光阑可控制聚光器的通光范围，用以调节光的强度。

　　（二） 机械装置

　　1． 机架 数码显微镜的主体部分，包括底座和弯臂。

　　2． 目镜筒

　　位于机架上方，靠圆形燕尾槽与机架固定，目镜插在其上。根据有否摄像功能，可分为双目镜筒和三目镜筒；根据瞳距的调节方式不同，可分为铰链式和平移式。

　　3． 物镜转换器

　　它是一个旋转圆盘，上有3～5个孔，分别装有低倍或高倍物镜镜头。转动物镜转换器就可让不同倍率的物镜进入工作光路。

　　4． 载物台

　　是放置玻片的平台，其中央具有通光孔。台上有一个弹性的标本夹，用来夹住载玻片。右下方有移动手柄，使载物台面可在XY双方向进行移动。

　　5． 调焦机构

　　利用调焦手轮可以驱动调焦机构，使载物台作粗调和微调的升降运动，从而使被观察物体对焦清晰成像。

　　6． 聚光器调节机构 聚光器安装在其上，调节螺旋可以使聚光器升降，用以调节光线的强弱。

　　（三） 数码摄像系统或显微镜摄像头

　　1．显微镜摄像头: 一般比较常用的就是CCD显微镜摄像头和CMOS显微镜摄像头，新上市的sCMOS相机,EMCCD相机也都是,CCD的为高端产品,成像质量好,色彩还原也很好,CMOS摄像头性价比好，并开始逐步取代CCD显微镜摄像头.

　　2． 图像采集卡

　　3． 软件

　　4． 微机