共聚焦显微镜已经在各种医学领域广泛应用，分类如下：

生物学

⒈ ；细胞、组织的三维观察和定量测量

⒉ ；活细胞生理信号的动态监测

⒊ ；粘附细胞的分选

⒋ ；细胞激光显微外科和光陷阱功能

⒌ ；光漂白后的荧光恢复

⒍ ；在细胞凋亡研究中的应用

⒈ ；定量荧光测定

⒉ ；细胞内离子的测定

⒊ ；神经细胞的形态观察

⒈ ；在内耳毛细胞亚细胞结构研究上的应用

⒉ ；激光扫描共聚焦显微镜的荧光测钙技术在内耳毛细胞研究中的应用

⒊ ；激光扫描共聚焦显微镜在内耳毛细胞离子通道研究上的应用

⒋ ；激光扫描共聚焦显微镜在嗅觉研究中的应用

⒈ 定量免疫荧光测定

⒉ 细胞内离子分析

⒊ 图像分析：肿瘤细胞的二维图像分析

⒋ 三维重建

⒈ 细胞内钙离子的测定

⒉ 免疫荧光定位及 免疫细胞化学研究

⒊ 细胞形态学研究：利用激光扫描共聚焦显微镜

⒈ 在血细胞形态及功能研究方面的应用

⒉ 在细胞凋亡研究中的应用

⒈ 利用激光扫描共聚焦显微镜观察组织、细胞结构

⒉ 集合特殊的荧光染色在活体上观察角膜外伤修复中细胞移行及成纤维细胞的出现

⒊ 利用激光扫描共聚焦显微镜观察视网膜中视神经细胞的分布以及神经原的树枝状形态

⒋ 三维重建

可以系统观察正常人 肾小球系膜细胞的断层 扫描影像及三维立体影像水平，使图像更加清晰，从计算机分析系统可从外观到内在结构，从平面到立体，从静态到动态，从形态到功能几个方面对系膜细胞的认识得到提高。